Акбердин И.Р. Киселев И.Н. Пинтус С.С. Вертышев А. Махновский П.А. Попов Д.В. Колпаков Ф.А.
Интегрированная модульная математическая модель метаболизма, внутриклеточной сигнализации и процессов генетической регуляции в скелетной мышцы человека
Докладчик: Акбердин И.Р.
ИНТЕГРИРОВАННАЯ МОДУЛЬНАЯ МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ МЕТАБОЛИЗМА, ВНУТРИКЛЕТОЧНОЙ СИГНАЛИЗАЦИИ И ПРОЦЕССОВ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ В СКЕЛЕТНОЙ МЫШЦЕ ЧЕЛОВЕКА
Акбердин И.Р. (1) (2)*, Киселев И.Н. (1)(3), Пинтус С.С. (1)(3), Вертышев А. (4), Махновский П.А. (5), Попов Д.В. (5), Колпаков Ф.А. (1) (3)
(1) ООО «БИОСОФТ.РУ», г. Новосибирск
(2) ФИЦ Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск
(3) Институт вычислительных технологий СО РАН, г. Новосибирск
(4) ЗАО "СИТЭС-ЦЕНТР", г. Москва
(5) ФГБУ Государственный научный центр Российской Федерации, Институт медико-биологических проблем РАН, г. Москва
В докладе представлены результаты последовательного развития модульного представления и анализа математической модели метаболизма клеток скелетных мышц (Киселев и др., 2019) с учетом сигнальных путей и процессов регуляции транскрипции генов, активируемых в ответ на физическую нагрузку, в компьютерной платформе BioUML (Kolpakov et al., 2019). Данная работа была выполнена при финансовой поддержке РФФИ (гранты № 17-00-00308 (K) и № 17-00-00296).
Ключевые слова: математическая модель, скелетная мышца, физическая нагрузка, Ca2+-зависимый сигнальный путь, транскриптом, РНК секвенирование, регуляция экспрессии, BioUML.
ЛИТЕРАТУРА
[1] Киселев И.Н., и др. Модульная графическая модель энергетического метаболизма в клетках скелетной мышцы// Мат. биол. и биоинф. 2019. Т. 14, № 2. С. 373-392. doi: 10.17537/2019.14.373.
[2] Kolpakov F., et al. BioUML: an integrated environment for systems biology and collaborative analysis of biomedical data// Nucleic Acids Research, 47(W1), pp.W225-W233. doi: 10.1093/nar/gkz440.
INTEGRATED MATHEMATICAL MODEL LINKING METABOLISM, SIGNALING TRANSDUCTION AND GENE EXPRESSION REGULATION IN HUMAN SKELETAL MUSCLE
Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Makhnovskii P.A., Vertyshev A.Yu., Popov D.V.,
Kolpakov F.A.
A report presents novel model linking central metabolism (Kiselev et al., 2019), Ca2+-dependent signaling pathway and downstream transcription regulation of early and late response genes in human skeletal muscle during exercise developed in BioUML platform (Kolpakov et al., 2019). The study has been financially supported by RFBR grants (№ 17-00-00308 (K) and № 17-00-00296).
Key words: mathematical model, skeletal muscle, physical exercise, Ca2+-dependent signaling pathway, transcriptome, RNA sequencing, regulation of expression, BioUML.
К списку докладов
